Формирование книжного фонда осуществляется в соответствии с образовательными программами, учебными планами, тематикой научных исследований и информационными потребностями студентов и профессорско-преподавательского состава ММУ, ЕМУ и МФК.

Фонд состоит из:

• научных опубликованных и неопубликованных документов,
• учебно-методических пособий,
• учебников по каждой дисциплине учебного плана всех специальностей,
• энциклопедий, словарей и справочников,
• монографий,
• авторефератов, диссертаций и магистерских диссертаций;
• периодических (газеты и журналы), продолжающих (бюллетень), реферативных и др. серийных изданий.

Общий традиционный книжный фонд составляет 45415 экземпляров книг. Из них по  медицине – 42845 экземпляров, по общественно–гуманитарным, экономическим и естественным наукам – 2570 экз. (данные на 08 июля 2023 года)

• ММУ – 30665 экз.
• ЕМУ – 9562 экз.
• МФК – 5188 экз.

Собственные электронные ресурсы:

• Электронный каталог отражает весь традиционный фонд, базу электронных книг, отдельные статьи Вестника ММУ, базу научных трудов ММУ, ЕМУ и МФК, базу Учебно-методического комплекса, базу периодических изданий, базу видеолекций ППС ММУ и ЕМУ.
• Электронная библиотека состоит из полнотекстовых электронных книг и научных документов собственной генерации на русском, кыргызском и английском языках.

Внешние электронные ресурсы:

Осуществляется ежегодная подписка на международные электронные ресурсы, соответствующих профилю  ММУ, ЕМУ и МФК.   Доступ  организован по IP – адресам всех корпусов. Для удаленного доступа вне стен Университета дополнительно предоставлены User ID.